Фрагменты Оказаки

Фрагменты Оказаки (англ. Okazaki fragments) — относительно короткие фрагменты ДНК (с РНК-праймером на 5' конце), которые образуются на отстающей цепи в процессе репликации ДНК. Длина фрагментов Оказаки у E. coli составляет около 1000—2000 нуклеотидов, и обычно 100—200 нуклеотидов у эукариот.

Фрагменты Оказаки были описаны в 1968 году Рэйдзи Окадзаки, Тсунэко Окадзаки и их соавторами при изучении репликации ДНК бактериофага у кишечной палочки.

Механизм

Схема репликации ДНК

Каждый фрагмент Оказаки образуется рядом с репликационной вилкой после РНК-праймера, образуемого праймазой, и далее продолжается ДНК-полимеразой III в случае прокариотов. У эукариотов отстающая цепь синтезируется ДНК-полимеразой δ. Праймер позднее удаляется ферментом с эндонуклеазной активностью подобной РНКазе H, flap-эндонуклеазе и геликазе/нуклеазе DNA2L.

Примечания

↑ Okazaki R, Okazaki T, Sakabe K, Sugimoto K. Mechanism of DNA replication possible discontinuity of DNA chain growth. Jpn J Med Sci Biol. 1967 Jun;20(3):255-60.
↑ Ogawa T, Okazaki T, Discontinuous DNA Replication. Annu. Rev. Biochem. 49:421-457, 1980

Литература

Inman RB, Schnos M, Structure of branch points in replicating DNA: Presence of single-stranded connections in lambda DNA branch points. J. Mol Biol. 56:319-625, 1971.
Thommes P, Hubscher U. Eukaryotic DNA replication. Enzymes and proteins acting at the fork. Eur. J. Biochem. 194(3):699-712, 1990.

Репликация ДНК

Инициация

Прокариоты	Пререпликационный комплекс Хеликазы (DnaA • DnaB • T7) Праймаза (DnaG)

Эукариоты	Пререпликационный комплекс Комплекс распознавания Ori (ORC1 • ORC2 • ORC3 • ORC4 • ORC5 • ORC6) • Cdc6 • Cdt1 Комплекс обслуживания минихромосом (MCM2 • MCM3 • MCM4 • MCM5 • MCM6 • MCM7) Разрешающий фактор Автономно реплицирующаяся последовательность Белки, связывающие одноцепочечную ДНК (SSBP2 • SSBP3 • SSBP4) • РНКаза Н (RNASEH1 • RNASEH2A) Хеликазы: Mcm2-7 Праймаза: ДНК-полимераза α

Общее для про- и эукариот	Точка начала репликации/Репликон Репликационная вилка (отстающая и лидирующая цепи) • Фрагменты Оказаки • Праймер

Элонгация

Прокариоты	Холофермент ДНК-полимеразы III (dnaC • dnaE • dnaH • dnaN • dnaQ • dnaT • dnaX • holA • holB • holC • holD • holE) • реплисома • лигаза • Белки скользящей застёжки • Топоизомераза (ДНК-гираза) ДНК-полимераза I (фрагмент Кленова)

Эукариоты	Репликационный фактор С RFC1 • колеблющиеся эндонуклеазы (FEN1) • Топоизомераза • Репликативный белок А (RPA1) ДНК-полимераза δ (POLD1 • POLD2 • POLD3 • POLD4) Белки скользящей застёжки (PCNA)

Общее для про- и эукариот	Процессивность • лигаза