Sat . 19 Dec 2019

Astar (moleküler biyoloji)

Bir primer, DNA sentezi için bir başlangıç noktası görevi gören genel olarak yaklaşık 18-22 baz gibi kısa bir RNA veya DNA dizisidir. DNA replikasyonu için gereklidir, çünkü bu işlemi katalize eden enzimler, DNA polimerazları, mevcut olanlara sadece yeni nükleotitler ekleyebilir DNA iplikçiliği Polimeraz, primerin 3′-ucunda çoğalmaya başlar ve karşıt ipliği kopyalar.
In vivo DNA çoğaltması, hem öncü hem de geciken iplikler üzerinde DNA sentezini başlatmak için RNA primerleri adı verilen RNA kısa iplikçiklerini kullanır. primerlerin insanlarda in vivo olarak görülmemesi Bu RNA primerleri de yapılabilir. Diğer taraftan, biyokimyada DNA polimerazı ve DNA dizilimi ve polimeraz zincir reaksiyonu gibi moleküler biyoloji içeren in vitro laboratuvar tekniklerinin birçoğu, DNA primerlerini kullanın, çünkü bunlar daha sıcaklığa dayanıklıdırlar. Deneylerde, şablon iplikçikine benzer bir Tm erime sıcaklığına sahip bir primer kullanılması, genellikle bir primer ile hibritleşeceği için önemlidir. reaksiyonun tavlama sıcaklığından önemli ölçüde daha yüksek olan bir Tm, DNA sekansı boyunca yanlış bir yerde karışabilir ve uzayabilirken, tavlama sıcaklığından önemli ölçüde daha düşük bir Tm olanı tavlama ve uzamada başarısız olabilir. Bu primerler genellikle kısa, kimyasal olarak sentezlenmiş oligonükleotitlerdir. , yaklaşık yirmi baz uzunluğunda Bunlar bir hedef DNA'ya melezleştirilirler, daha sonra polimeraz tarafından kopyalanırlar.
İçindekiler
1 in vivo Mekanizma
11 Primer giderimi
2 Sentetik primerlerin kullanımı
21 PCR primer tasarımı
22 Dejenere primerler
3 Ayrıca bakınız
4 Referanslar
5 Harici linkler
İn vivo mekanizma
Ek bilgi: DNA replikasyonu § Replikasyon çatalı
DNA zincirinin gecikmesi, 5 ila 3 ′ şeklinde yönlendirilen DNA çift sarmalının zinciridir. Bu nedenle, komplementinin 3 ′ → 5 ′ şeklinde sentezlenmesi gerekir çünkü DNA polimeraz III 5 ′ → 3'te sentezlenemez. ′ Yön, geciken iplikçik sentezlenir Okazaki fragmanları olarak bilinen kısa segmentlerde edgisi Kalan iplikçikçenin şablonu boyunca, primaz kısa patlamalarda RNA primerlerini oluşturur DNA polimerazları daha sonra DNA'yı 5 ′ → 3 ′ yönünde sentezlemek için RNA primerlerinde serbest 3′-OH gruplarını kullanabilirler.
Daha sonra RNA fragmanları prokaryotlar için DNA polimeraz I ile veya ökaryotlar için DNA polimeraz δ ile çıkarılır, ökaryotlarda ve prokaryotlarda farklı mekanizmalar kullanılır ve RNA'nın DNA ligazının birlikte bulunduğu boşlukları doldurmak için yeni deoksiribonükleotitler eklenir, sonra deoksiribonükleotitleri birleştirir gecikmeli iplikçik sentezinin tamamlanması - Primer giderimi
Ökaryotik primer gideriminde DNA polimeraz δ, Okazaki fragmanını 5 ′ ila 3 ′ yönde uzatır ve önceki Okazaki fragmanından gelen RNA primeriyle karşılaştığında, primerin 5 ′ ucunu tek iplikçikli bir RNA flepine yerleştirir, ki bu nükleaz bölünmesiyle çıkarılır RNA fleplerinin bölünmesi her iki kanat yapısına özgü endonükleaz içerir 1 FEN1 kısa flep bölünmesi veya tek iplikçikli DNA bağlanma proteini replikasyon proteini A RPA ve uzun fleplerin kaplanması ile Dna2 nükleaz ve FEN1 tarafından ardışık bölünme
Bu mekanizma HIV virüsünün genomunu nasıl dönüştürebileceğinin potansiyel bir açıklamasıdır RNA'sının ters transkripsiyonundan sonra oluşan RNA-DNA'dan çift sarmallı DNA içine Ancak HIV ile kodlanmış ters transkriptaz, DNA bağımlı DNA polimeraz aktivitesinin yanı sıra cDNA'nın sentezi sırasında viral RNA'yı parçalayan kendi ribonükleaz aktivitesine sahiptir. Çift sarmallı bir DNA ara maddesi oluşturmak için cDNA sarmalının antisens DNA'ya kopyalanması. Sentetik primerlerin kullanımı
Standart bir PCR için ileri ve geri primerlerin diyagramatik gösterimi. İlgili organik kimya için, Oligonucleotide'e bakınız. Sentez Primerleri içeren olası yöntemler için bkz. Nükleik asit yöntemleri
DNA dizilimi bir DNA zincirindeki nükleotidleri belirlemek için kullanılır Sekansın Sanger zincir sonlandırma yöntemi Zincirleme reaksiyonu başlatmak için bir primer kullanır. PCR'de, primerler, PCR prosesi tarafından büyütülecek DNA fragmanını belirlemek için kullanılır. Primerlerin uzunluğu, genellikle 30'dan fazla, genellikle 18–24 nükleotit değildir; çoğaltılacak DNA fragmanının başlangıcını ve sonunu eşleştirin Birbirlerine doğru çoğaltma yöneltirler - bir primerin polimeraz ile genişletilmesi daha sonra diğeri için şablon haline gelir, bu da hedef segmentinde üssel bir artışa yol açar. primerlerin her zaman DNA sentezi için olmadıklarını, ancak aslında RNA sentezi için viral polimerazlar, örneğin influenza, DNA sentezi için kullanılabileceğini belirtti.
PCR primer tasarımı
Primer çiftleri, PCR'de tavlama gerçekleştiğinden, benzer erime sıcaklıklarına sahip olmalıdır. Her ikisi de aynı anda Reaksiyonun tavlama sıcaklığından önemli ölçüde daha yüksek bir Tm erime sıcaklığına sahip bir primer DNA sekansı boyunca yanlış bir yerde karışabilir ve uzayabilirken, Tm ek olarak önemli ölçüde daha düşük olabilir aling sıcaklığı tavlama ve hiç uzatmada başarısız olabilir.
Primer sekanslarının, bir DNA bölgesini benzersiz bir şekilde seçmek için seçilmesi gerekir; yakındaki benzer bir sekansa misiribridizasyon olasılığından kaçınılır. Bir primerin bağlanabileceği, hem nükleotid sekansının hem de primerin kendisinin BLAST aranabileceğidir. Ücretsiz NCBI aracı Primer-BLAST, primer tasarımını ve BLAST araştırmasını, ePrime ve Beacon gibi ticari yazılım ürünleri gibi tek bir uygulamaya entegre eder. Tasarımcı Teorik PCR sonuçlarının bilgisayar simülasyonları Primer tasarımına yardımcı olmak için elektronik PCR gerçekleştirilebilir. Bazıları primer tasarımı için serbestçe kullanılabilir, bazıları PCR'nin özel uygulamalarına odaklanmıştır Popüler Primer3Plus ve PrimerQuest araçları bulmak için kullanılabilir Çok çeşitli spesifikasyonlara uyan primerler Çok çeşitli DNA şablonlarını hedef alan yüksek oranda dejenere primerler etkileşimli olarak tasarlanabilir. d Bir çok benzer değişkenlerin varlığında bir DNA şablonu alt kümesi için yüksek özgünlüğe sahip GeneFISHER Primerler kullanılarak DECIPHER Primer tasarımı, amplifikasyonun özgüllüğü ve verimliliği arasında bir denge oluşturmayı amaçlar. Mononükleotid ve dinükleotid tekrarları kaçınılmalıdır; ilmek oluşumu oluşabilir ve melezleşmeye katkıda bulunur Primerler karışımdaki diğer primerler ile kolayca aynı şekilde tavlanmamalı veya aynı veya ters yön astarının diğer kopyaları olmamalıdır; Bu fenomen, karışımı kirleten 'primer dimer' ürünlerin üretimine yol açabilir. İç saç tokaları ve halkalar, DNA klonlama ile tavlamayı engelleyebilir. TA klonlamada kullanılmak üzere bir astar tasarlarken , 5 ′ ve 3 ′ ucuna AG kuyrukları eklenerek verimlilik artırılabilir
Ters primer, verilen cDNA dizisinin ters tamamlayıcısı olmalıdır. Ters tamamlayıcı kolayca, örneğin çevrimiçi hesap makineleri ile belirlenebilir
Dejenere primerleri
Ana madde: Dejenere bazları
Bazen dejenere primerleri kullanılır. Bunlar aslında benzer, fakat aynı primer olmayan karışımlarıdır. Aynı gen, genlerin kendileri gibi farklı organizmalardan amplifiye edilmeleri durumunda uygun olabilirler. Muhtemelen benzer fakat özdeş değildir Dejenere primerlerin diğer kullanımı, primer tasarımının protein dizilimine dayanmasıdır. Birkaç farklı kodon, bir amino asidi kodlayabildiğinden, genellikle Özel bir durumda hangi kodonun kullanıldığı bu nedenle, amino asit izolösinine karşılık gelen primer sekansı, "genetik koduna göre A, adenin, timin için T ve adenin, timin veya sitozin için H'dir" ATH olabilir. her kodon için, dejenere bazlar için IUPAC sembollerinin kullanılması Dejenere primerlerin kullanılması, PCR amplifikasyonunun spesifikliğini büyük ölçüde azaltabilir. Problem touchdown PCR kullanılarak kısmen çözülebilir. Dejenere primerleri yaygın olarak kullanılır ve mikrobiyal alanında oldukça faydalıdır. ekoloji Genlerin şimdiye kadar ekilmemiş mikroorganizmalardan çoğaltılmasına izin verir veya genomik bilginin mevcut olmadığı organizmalardan genlerin geri kazanılmasını sağlar. Genellikle, dejenere primerleri, GenBank'ta bulunan gen dizilimini dizilerle hizalayarak tasarlanır. Diziler arasındaki farklar, IUPAC dejenerasyonları kullanılarak hesaplanır. Bireysel bazlar için PCR primerleri daha sonra tüm permütasyonlara karşılık gelen primerlerin bir karışımı olarak sentezlenir. bu primer tahminlerini gerçekleştirmek için mevcut programların sayısı;
CODEHOP, sunucu artık desteklenmese de bir sunucuda çalıştırılabilir. Blok biçimini kullanır.
HYDEN, komut isteminde pencerelerde çalışan bir çalıştırılabilir dosyadır.
iCODEHOP blok biçimini de kullanıyor ancak kaldırıldı
FAS-DPD yeni bir Java uygulaması



Oligonucleotide sentezi - primerlerin üretilme yöntemleri
Referanslar
^ Bölüm 5 Alberts B, Johnson A, Lewis J ve arkadaşları, 4. Hücre Moleküler Biyolojisi, New York: Garland Science; 2002 Tarihinden itibaren: https: // wwwncbinlmnihgov / books / NBK21054 /
^ Ökaryotik Okazaki fragmanı olgunlaşması sırasında primer giderim yollarını ayırt etmek Katılımcı Yazar Rossi, Marie Louise Katılım Tarihi: 2009-02-23T17: 05: 09Z Tarih: 2009-02-23T17: 05: 09Z Yayın Tarihi: 2009-02-23T17: 05: 09Z Açıklama: Dr Robert A Bambara, Fakülte Danışmanı Tezi Doktora - Tıp ve Diş Hekimliği Fakültesi, Rochester Üniversitesi UR, yalnızca Ocak 2010 tarihine kadar UR Ocak 2010
^ Doc Kaiser'in Mikrobiyoloji Ana Sayfası & gt; IV VİRÜSLER & gt; F HAYVAN VİRÜSÜ YAŞAM DÖNGÜLERİ & gt; 3 HIV'in Yaşam Döngüsü, Baltimore County Wayback Makine Topluluğu Kolejinde 2010-07-26 Arşivlendi Güncelleme Tarihi: Oca, 2008
^ S Patricia, Stock; John, Vanderberg; Itamar, Glazer; Noel, Boemare 2009 "162 Astar geliştirme ve virüs tanımlama stratejileri" Böcek Patojenleri: Moleküler Yaklaşımlar ve Teknikler CAB International p 22 ISBN 978-1-84593-478-1 Özgüllük, primerlerin ve tipik olarak primerlerin 18 - 24 arasındaki primerlerin uzunluğundan etkilenir. nükleotidler PCR için uygundur
^ Primer-BLAST
^ "Elektronik PCR" NCBI - Ulusal Biyoteknoloji Merkezi, 13 Mart 2012 -

Dieffenbach, CW; Lowe, T M; Dveksler, GS 1993 "PCR primer tasarımı için genel kavramlar" Genom Research 3: S30-S37 doi: 101101 / gr33s30 Alınan 23 Haziran 2017
^ Astar 50 sonuna eklenen Adenosin, polimeraz zincir reaksiyonu ürünlerinin, TA klonlama verimliliğini arttırdı, Ri -He Peng, Ai-Sheng Xiong, Jin-ge Liu, Fang Xu, Cai Bin, Hong Zhu, Quan-Hong Yao
^ Ters Kompleman Hesaplayıcısı
Dış bağlantılar
Tm hesap makinesi
Primer3
Primer-BLAST
v
e
Prokaryotik ile Ökaryotik
Başlatma
Prokaryotik




Replikasyon öncesi kompleksi
dnaC
Cdc6
Helicase
dnaA
dnaB
T7

Primase
dnaG
Gk fazındaki ökaryotik


Replikasyon öncesi kompleks
Kökeni tanıma kompleksi
ORC1
ORC2
ORC3
ORC4
ORC5
ORC6
Cdc6
Cdt1
Minikromozom bakımı
MCM2
MCM3
MCM4
MCM5
MCM6
MCM7
Lisans faktörü
Özerk olarak çoğaltma dizisi
Tek zincirli bağlayıcı protein
SSBP2
SSBP3
SSBP4
RNase H
RNASEH1
RNASEH2A

Helicase: HFM1
Primase: PRIM1
PRIM2
Her ikisi

Replikasyonun kaynağı / Ori / Replicon
Replikasyon çatalı
Geçme ve ilerleyen teller
Okazaki fragmanları
Primer
Replikasyon
Prokaryotik
uzama
DNA polimeraz III holoenzim
dnaC
dnaE
dnaH
dnaN
dnaQ
dnaT
dnaX
holA
holB
holC
holD
holE
Replisome
DNA ligaz
DNA maşası
Topoizomera
DNA jiroskop
Prokaryotik DNA polimeraz: DNA polimeraz I
Klenow fragmanı

Ökaryotik
sentez
S faz
Replikasyon faktörü C
RFC1
Flap endonükleaz
FEN1
Topoizomera
Replikasyon proteini A
RPA1
Ökaryotik DNA polimeraz:
alfa
POLA1
POLA2
PRIM1
PRIM2
delta
POLD1
POLD2
POLD3
POLD4
epsilon
POLE
POLE2
POLE3
POLE4
DNA kıskacı
PCNA
Kromozom çoğaltmasının kontrolü


Hareket: Prosesivite
DNA ligaz
Sonlandırma
Telomere: Telomeraz
TERT
TERC
DKC1
v
e
Moleküler biyoloji
Hesaplamalı biyoloji
Gelişim biyolojisi
Fonksiyonel biyoloji / tıp
Genel Bakış
Merkezi dogma
Moleküler biyoloji tarihi
DNA replikasyon DNA
Transkripsiyon RNA
Çeviri proteini
Element
Genetik
Kalıtım
Promoter
Pribnow box
TATA kutusu
Operon
gal operon
lac operon
trp operon
Intron
Exon
Terminator
Arttırıcı
Baskılayıcı
Lac baskılayıcı
trp baskılayıcı
Susturucu
Histon metilasyonu
Bağlantılı yaşam
Hücre biyolojisi
Biyokimya




Genetik
Mühendislik
Kavramlar
Mitoz
Hücre sinyalizasyon
Transkripsiyon sonrası modifikasyon
Post-translasyonel modifikasyon
Kuru lab / Islak lab



Hücre kültürü
C57BL / 6 fareler gibi model organizmalar



Nükleik asit
Protein
Floresan, Pigment ve amp; Radyoaktivite
Yüksek verimlilikli teknik "-omics"
DNA mikrodizi

Kütle spektrometresi
Lab-on-a-chip
Gen regülasyonu
Epigenetik
Genetik
Post- transkripsiyonel
Çeviri sonrası düzenleme
Terimler Sözlüğü
Moleküler biyoloji
Moleküler ve hücresel biyoloji

WikiProject
Moleküler ve hücresel biyoloji portalı


Primer (molecular biology)

Random Posts

Body politic

Body politic

The body politic is a metaphor that regards a nation as a corporate entity,2 likened to a human body...
Kakamega

Kakamega

Kakamega is a town in western Kenya lying about 30 km north of the Equator It is the headquarte...
Academic year

Academic year

An academic year is a period of time which schools, colleges and universities use to measure a quant...
Lucrezia Borgia

Lucrezia Borgia

Lucrezia Borgia Italian pronunciation: luˈkrɛttsja ˈbɔrdʒa; Valencian: Lucrècia Borja luˈkrɛsia...