Sat . 19 Dec 2019

Праймер (молекулалық биология)

Праймер - бұл РНҚ немесе ДНҚ негізінен ДНҚ синтезін бастау үшін қызмет ететін 18-22 негізден тұратын қысқа жіп. Бұл ДНҚ репликациясына қажет, өйткені бұл процесті катализдейтін ферменттер, ДНҚ полимеразалары, қолданыстағы элементтерге жаңа нуклеотидтерді ғана қоса алады. ДНҚ тізбегі Полимераза праймердің 3′ соңында репликацияны бастайды және қарама-қарсы жолақты көшіреді
in vivo ДНҚ репликациясы алдыңғы және артта қалған қатарларда - ДНҚ синтезін бастау үшін РНҚ праймерлері деп аталатын РНҚ-ның қысқа жолдарын қолданады. Адамдарда праймерлерді in vivo-да көрмейді Бұл РНҚ праймерлері басқа жағынан жасалуы мүмкін. Екінші жағынан, ДНҚ полимеразасын биохимиядағы және ДНҚ секвенирациясы және полимеразды тізбекті реакция сияқты молекулалық биологияда ДНҚ полимеразасын қосатын зертханалық техниканың көптеген нұсқалары, ДНҚ праймерлерін қолданыңыз, өйткені олар температурасы тұрақты, тәжірибеде көбінесе температурасы ұқсас Tm праймерді шаблон жолағына қолдану керек, ол праймермен будандастырылатын болады. реакцияның майлану температурасынан ТМ айтарлықтай жоғары болуы мүмкін, ДНҚ тізбегі бойымен дұрыс емес жерде мибибридтенуі және кеңеюі мүмкін, ал температурасы Tm-ден едәуір төмен температура күйіп кетпейді және мүлдем ұзармайды Бұл праймерлер әдетте қысқа, химиялық синтезделген олигонуклеотидтерден тұрады , ұзындығы жиырмаға жуық базистен тұрады. Олар мақсатты ДНҚ-мен будандастырылады, содан кейін полимераза көшіреді
Мазмұны
1 Механизм in vivo
11 Праймерді жою
2 Синтетикалық праймерлерді қолдану
21 ПТР праймерінің дизайны
22 Азайтылған праймерлер
3 Сондай-ақ, қараңыз: 4 Сілтемелер
5 Сыртқы сілтемелер
Тікелей in vivo
Қосымша ақпарат: ДНҚ репликациясы § Шағылысу шанышқысы - The ДНҚ-ның артта қалған тізбегі - бұл 5 3-ден 3 ′-ге бағытталған ДНҚ-ның қос спирлі тізбегі, сондықтан оны толықтыру 3 ′ → 5 ′ тәсілмен синтезделуі керек, өйткені ДНҚ полимераза III 5 ′ → 3 синтезделмейді. ′ Бағыт, артта қалған қатар - синтез Оазаки фрагменттері деп аталатын қысқа сегменттерден тұратын примаза қысқа тұйықталу кезінде РНҚ праймерлерін салады ДНҚ полимеразалары 5 ′ → 3 ′ бағытта ДНҚ синтездеу үшін РНҚ праймерлерінде бос 3′-OH топтарын қолдана алады.
РНҚ фрагменттері ДНҚ полимераза I арқылы прокариоттарға немесе ДНҚ полимераза e эукариоттарға әртүрлі механизмдер қолданылады және эукариоттарда және прокариоттарда жаңа Дезоксирибонуклеотидтер қосылады, РНҚ болған ДНҚ лигазы содан кейін бірге дезоксирибонуклеотидтерге қосылады , артта қалған тізбектің синтезін аяқтаймыз - Праймерді жою
Эукариоттық праймерді алып тастағанда ДНҚ полимераза kaz Оазаки фрагментін 5 ′-ден 3 ′ бағытта кеңейтеді, ал алдыңғы Оказаки фрагментіндегі РНҚ праймерімен кездескенде, праймердің 5 ′ ұшын бір ішекті РНҚ қапшығына ауыстырады, ол нуклеаздың бөлінуімен жойылады. РНҚ жапқыштарының бөлінуі клетка құрылымына тән эндонуклеазды қамтиды 1 FEN1-нің қысқа жабындыларының жарылуы немесе ДНҚ-ны бір-ақ тізбектелген ақуыздың репликациясы А RPA ақуызымен жабу және Dna2 нуклеазасы мен FEN1-нің жүйелі түрде бөлінуі. Бұл механизм АИВ вирусының өз геномын қалай өзгерте алатындығы туралы түсіндірме болып табылады. РНҚ-ны кері транскрипциялағаннан кейін пайда болған РНҚ-ДНҚ-ның қос ішекті ДНҚ-ға айналуы Алайда, АИВ-кодталған кері транскриптазаның рибонуклеазалық белсенділігі бар, ол cDNA синтезі кезінде вирустық РНҚ-ны, сонымен қатар ДНҚ-ға тәуелді ДНҚ-полимераза белсенділігін алады синтетикалық праймерлерді қолдану
стандартты ПТР үшін алға және кері праймерлердің диаграммалық көрінісі
Органикалық химия туралы Олигонуклеотидті қараңыз синтез Праймерлердің қатысуымен мүмкін болатын әдістерді қараңыз. ДНҚ тізбегіндегі нуклеотидтерді анықтау үшін Нуклеин қышқылының әдістері - ДНҚ реттілігі қолданылады. тізбектік реакцияны бастау үшін уингинг праймерді қолданады
ПТР-де ПНР процесінің әсерінен күшейтілетін ДНҚ фрагментін анықтау үшін праймер қолданылады Күшейтілетін ДНҚ фрагментінің басы мен аяғына сәйкес келеді Олар бір-біріне репликация жасайды - бір праймерді полимераза арқылы кеңейту, содан кейін мақсатты сегменттің экспоненциалды ұлғаюына алып келетін екіншісіне шаблон болады ... Бұл тұр праймерлер ДНҚ синтезі үшін әрдайым бола бермейді, бірақ вирустық полимеразалар, мысалы, тұмау, РНҚ синтезі үшін қолданыла алады - ПТР праймерінің дизайны - Праймерлердің жұптарында балқу температуралары бірдей болуы керек, өйткені ПТР-де балқыту жүреді реакцияның балқу температурасынан едәуір жоғары Tm еру температурасы бар праймер, ДНҚ тізбегі бойымен дұрыс емес жерде қатып, созылып кетуі мүмкін, ал Tm аннан айтарлықтай төмен температураның өзгеруі мүмкін емес және созылуы мүмкін. ДНҚ аймағын біртектес етіп таңдап алу үшін, бастапқы сызбаларды таңдау керек, жақын маңдағы ұқсас реттілікке мишибридтену мүмкіндігін болдырмау. Жалпы қолданыстағы әдіс - бұл барлық мүмкін аймақтарды BLAST іздеу праймерді байланыстыруға болатын нуклеотидтер тізбегін де, праймерді де BLAST іздеуге болады Тегін NCBI құралы Primer-BLAST праймер дизайны мен BLAST іздеуді, сонымен қатар ePrime және Beacon сияқты коммерциялық бағдарламалық өнімдерді бір қолданбада біріктіреді. Дизайнер ПТР-нің теориялық нәтижелерін компьютерлік модельдеу праймерді жобалауға көмектесу үшін электронды ПТР жасалуы мүмкін. Көптеген онлайн құралдар праймерді жобалау үшін еркін қол жетімді, олардың кейбіреулері ПКР-дің арнайы қосымшаларына бағытталған. Танымал Primer3Plus және PrimerQuest құралдарын табуға болады. Түрлі сипаттамаларға сәйкес келетін праймерлер, ДНҚ шаблондарының алуан түріне бағытталған өте нашар деген праймерлерді интерактивті түрде жобалауға болады d көптеген ұқсас нұсқалар болған кезде ДНҚ шаблондарының жиынтығы үшін жоғары ерекшелігі бар GeneFISHER праймерлерін қолдану DECIPHER Primer дизайнын қолдану арқылы күшейтудің ерекшелігі мен тиімділігі арасындағы тепе-теңдікті қалыптастыруға бағытталған. Мононуклеотид пен динуклеотид қайталануларынан аулақ болу керек циклдің пайда болуы мүмкін және мишибридизацияға ықпал етеді Праймерлер қоспадағы басқа праймерлермен бірдей немесе басқа бағыттағы праймердің басқа көшірмелерімен оңай тазаланбауы керек; бұл құбылыс қоспаны ластайтын «праймердің түссіздігі» өнімдерін шығаруға әкелуі мүмкін. Праймерлер сонымен қатар өздерін қатты тазартпауы керек, өйткені ішкі шаш қыстырғыштары мен ілмектері ДНҚ шаблонымен тазартуға кедергі келтіруі мүмкін ... TA клондауында қолдану үшін праймерді жобалағанда , 5 ′ және 3 ′ аяғына AG құйрығын қосу арқылы тиімділікті арттыруға болады. Кері праймер берілген cDNA тізбегінің кері толықтырушысы болуы керек. Кері толықтырғышты оңай анықтауға болады, мысалы, онлайн-калькуляторлармен Нәрлендіретін праймерлер
Негізгі мақала: Нашарлататын негіздер: Кейде дегенеративті праймерлер қолданылады Бұл іс жүзінде ұқсас, бірақ бірдей емес праймерлердің қоспалары Олар бір генді әртүрлі организмдерден көбейту керек болған жағдайда ыңғайлы болуы мүмкін, өйткені геннің өздері. Мүмкін ұқсас, бірақ бірдей емес. Жоюға арналған грунттарды қолдануға арналған тағы бір әдіс - бұл праймер дизайны ақуыздар тізбегіне негізделген кезде, бірнеше амин кодтары бір амин қышқылына код бере алатындықтан, оны алу қиынға соғады. Белгілі бір жағдайда қандай кодон қолданылады, сондықтан генетикалық кодқа сәйкес амин қышқылы изолейциніне сәйкес праймердің тізбегі «ATH» болуы мүмкін, бұл жерде аденин, T тимин және H аденин, тимин немесе цитозин үшін болады. Әрбір кодон үшін, IUPAC таңбаларын қолданып, бұзылатын негіздерге қолдану ПТР күшейтудің ерекшелігін едәуір төмендетуі мүмкін. Проблеманы сенсорлы PCR көмегімен жартылай шешуге болады. Degenerate праймерлері микробтар саласында кеңінен қолданылады және өте пайдалы экология Олар гендік ақпарат жетіспейтін микроағзалардан гендердің көбеюіне мүмкіндік береді немесе геномдар туралы ақпарат қол жетімді емес организмдерден гендерді қалпына келтіруге мүмкіндік береді. Әдетте, дегенеративті праймерлер GenBank-та табылған гендік жүйелерді теңестіру арқылы жасалады. жеке негіздер үшін ПТР праймерлері барлық енулерге сәйкес келетін праймерлер қоспасы ретінде синтезделеді
осы алдын ала болжауды орындау үшін қол жетімді бағдарламалардың саны; CODEHOP серверде жұмыс істемеуі мүмкін, бірақ сервер қолдамайды, бірақ блок-форматты қолданады
HYDEN - бұл терезелерде iCODEHOP пәрмені арқылы жұмыс істейтін орындалатын файл. сонымен қатар блок форматын қолданады, бірақ жойылды
FAS-DPD - жақында Java қосымшасы
Сонымен қатар қараңыз: Олигонуклеотид синтезі - праймерлер жасалатын әдістер
Сілтемелер
^ 5-тарау. Альбертс В, Джонсон А, Льюис Дж және т.б. Жасушаның молекулалық биологиясы 4-ші шығарылым Нью-Йорк: Garland Science; 2002 ж. Қол жетімді: https: // wwwncbinlmnihgov / books / NBK21054 /
^ Эукариотты Оказаки фрагментінің жетілу кезіндегі праймерді жою жолдарын бөлу Автор Автор Росси, Мари Луиза Күні Қосылған: 2009-02-23T17: 05: 09Z Күні қол жетімді: 2009-02-23T17: 05: 09Z Берілген күні: 2009-02-23T17: 05: 09Z Сипаттама: Доктор Роберт А Бамбара, оқытушы-профессордың диссертациясының кандидаттық диссертациясы - Рочестер университетінің медицина және стоматология мектебі, УР Университеті 2010 жылдың қаңтарына дейін тек УР 2010 жылдың қаңтарына дейін Қаңтар 2010 ж. ^ Doc Kaiser микробиологиясының басты беті & gt; IV VIRUSES & gt; F жануарлардың өмір сүру циклдері & gt; 3 2010-07-26 жұққан ВИЧ-тің өмірлік циклі Балтимор округінің Wayback Machine Қоғамдық колледжінде Жаңартылды: 2008 ж. Қаңтар - Патрисия, Сток; Джон, Вандерберг; Итамар, Глазер; Ноэль, Боемар 2009 «162 Примерлердің дамуы және вирусты анықтау стратегиялары» Жәндіктер қоздырғыштары: Молекулярлық тәсілдер мен әдістер CAB International p 22 ISBN 978-1-84593-478-1 Ерекшелікке праймерлердің ұзындығы және әдетте 18–24 арасындағы праймерлер әсер етеді. нуклеотидтер ПТР үшін жарамды. ^ Primer-BLAST
^ «Электрондық ПТР» NCBI - Ұлттық биотехнологиялық ақпарат орталығы 13 наурыз 2012 ж. ^ Дайфенбах, CW; Лоу, Т М; Dveksler, GS 1993 «ПТР праймерін жасауға арналған жалпы түсініктер» Genome Research 3: S30-S37 doi: 101101 / gr33s30 2017 жылғы 23 маусымда шығарылды. ^ Аденозин праймердің 50 ұшына қосылды, полимеразды тізбекті реакция өнімдерінің ТК клондау тиімділігін арттырды -Хе Пенг, Ай-Шен Сион, Цзин-ге Лю, Фанг Сю, Цай Бин, Хонг Чжу, Куан-Хонг Яо
^ Кері толықтырушы калькулятор
Сыртқы сілтемелер
Tm калькуляторы
Primer3
vna e - прокариоттық және инициативті - dnaC
Cdc6
dnaB
T7
Primase
dnaG - Guk фазасындағы эукариоттық дайындық
Репликацияға дейінгі кешен ...
Шығарылған жерді тану кешені br> ORC1
ORC2
ORC3
ORC4
ORC5
ORC6
Cdc6
Cdt1
Минихромосомаларға техникалық қызмет көрсету
MCM2
MCM3
MCM4
MCM5 - MCM6 - MCM7
Лицензиялау коэффициенті - Автоматты түрде көбейту тізбегі
Бір жолақты байланыстыратын ақуыз
SSBP2
SSBP3
SSBP4
RNase H
RNASEH1
RNASEH2A
Helicase: HFM1
Primase: PRIM1
PRIM2
Екеуі де репликацияның шығу тегі / Ori / Replicon
Шағылысу шанышқысы - Кейінгі және алдыңғы қатарлар
Оказаки фрагменттері - Праймер - Репликация - Прокариоттық - созылу - ДНҚ полимераза III холоэнзим - dnaC
dnaE
dnaH
dnaN
dnaQ
dnaT
dnaX
holA
holB
holC
holD
holE
Реплисомды - ДНҚ лигазы
ДНҚ қысқышы - Топоизомераза - ДНҚ гирасы - Прокариот ДНҚ полимераза: ДНҚ полимераза I - Klenow фрагменті - S фазасында эукариоттық - синтез
С - RFC1 репликация коэффициенті - FAP1 эндоплазмасы
Топоизомераза
Репликация ақуызы A
RPA1 - Эукариотты ДНҚ полимеразы: альфа - POLA1
POLA2 - PRIM1
PRIM2 - дельта
POLD1 - POLD2
POLD3 - POLD4 - epsilon - POLE
POLE2 - POLE3
POLE4
ДНҚ қысқышы - PCNA
Хромосомалардың көбеюін бақылау - Екі қозғалыс: Процедуралық - ДНҚ-лигазасы
тоқтату
Теломер: Теломераза
TERT
TERC
DKC1
v
e
Молекулалық биология
Компьютерлік биология
Даму биологиясы
Функционалды биология / медицина
Шолу
Орталық догма
Молекулалық биология тарихы
ДНҚ репликациясы ДНҚ
Транскрипция РНҚ
Аударма ақуызы - Элемент
генетикалық - тұқым қуалау
промоутер - Pribnow қорапшасы
TATA қорапшасы - Operon - гал оперон
трак-оперон
Intron
Exon
Terminator
Encancer
Repressor - trac represser - trp represser - Silencer - гистон метиляциясы
байланысқан өмір
жасуша биологиясы > Биохимия
Есептеу биологиясы - Генетика
Инженерлік - ұғымдар
Митоз - жасуша сигнализациясы
транскрипциядан кейінгі модификациялау
Құрғақ зертханалық / дымқыл зертхана
Техника: Жасуша культурасы - C57BL / 6 тышқандары сияқты модельді организмдер - әдістері
нуклеин қышқылы - ақуыз
флуоресценция, пигмент & amp; Радиоактивтілік - «-омика» жоғары өткізгіштік техникасы - ДНҚ микроарапасы - Масс-спектрометрия
Лаборатория на чип
Гендерді реттеу
Эпигенетикалық және генетикалық
транскрипциялы - Пострекциялық аударма ережесі
Глоссарий
Молекулалық биология
Молекулалық және жасушалық биология
WikiProject
Молекулалық және жасушалық биология порталы


Primer (molecular biology)

Random Posts

Book

Book

A book is a set of written, printed, illustrated, or blank sheets, made of ink, paper, parchment, or...
Boston Renegades

Boston Renegades

Boston Renegades was an American women’s soccer team, founded in 2003 The team was a member of the U...
Sa Caleta Phoenician Settlement

Sa Caleta Phoenician Settlement

Sa Caleta Phoenician Settlement can be found on a rocky headland about 10 kilometers west of Ibiza T...
Bodybuilding.com

Bodybuilding.com

Bodybuildingcom is an American online retailer based in Boise, Idaho, specializing in dietary supple...